Nel 1998, con l'idea di dare una struttura giuridica al Museo degli Strumenti per il Calcolo, fu riattivata la Fondazione Galileo Galilei dell'Università di Pisa che non era mai stata estinta. È curioso segnalare che la Fondazione Galileo Galilei, nata nel 1934, al momento della sua creazione disponeva di un patrimonio di 600.000 lire ottenuto mediante una lotteria!
La missione della Fondazione era, tra l'altro, di dare incremento alle scienze sperimentali, provvedendo all'acquisto di strumentazione scientifica, al conferimento di premi a pubblicazioni scientifiche e di borse di perfezionamento a studenti universitari.
Oggi la Fondazione Galileo Galilei opera perseguendo la sua missione, cioè la divulgazione della cultura scientifica attraverso la valorizzazione e l'incremento del patrimonio del Museo degli Strumenti per il Calcolo.