I libri della biblioteca rappresentano la parte più preziosa e consistente del Fondo Pacinotti.
La Biblioteca Pacinotti è formata da circa duemilatrecento volumi: benché molti di essi siano in buono stato di conservazione, molti altri richiedono un intervento restaurativo e conservativo. Della biblioteca fanno parte alcuni libri del 1500 di pregiato valore librario e molte tra le principali opere classiche della Fisica.
La biblioteca, attualmente conservata presso la Domus Galilaeana, sarà presto trasferita nei locali del Museo degli Strumenti per il Calcolo: anche per questo non è stato possibile finora procedere ad un lavoro di riordinamento, classificazione e catalogazione dei libri.
Tuttavia, è possibile conoscere i titoli dei volumi che costituiscono la biblioteca pacinottiana grazie ad un elenco redatto da Giovanni Polvani; lo strumento di consultazione più importante però è l’«Inventario dei beni mobili facenti parte del museo A. Pacinotti» in cui si riporta l’elenco (presumibilmente) completo dei libri della biblioteca e, per ciascuno di essi è indicata una collocazione. Grazie a questo «Inventario» è possibile una prima verifica della consistenza del patrimonio bibliografico.
La cautela è d'obbligo perché una piccola rassegna dei volumi ha già evidenziato alcune incongruenze rispetto all'elenco che per ora abbiamo a disposizione.
Ai volumi della biblioteca fu assegnato, verosimilmente al momento dell'acquisizione della biblioteca da parte dell'Università, un codice di classificazione alfanumerico; tale criterio, benché sia stato di indubbia utilità per una verifica inventariale, non è sufficiente per il reperimento dei libri che saranno sottoposti a nuova classificazione e successivamente ad un lavoro di catalogazione che garantirebbe la presenza e quindi la visibilità dei volumi anche negli Opac.
La formazione di Antonio Pacinotti attraverso i suoi libriI libri della biblioteca di Pacinotti dicono molto sulla formazione e sugli studi dello scienziato: numerose sono le opere di fisica e molte quelle su argomenti più specifici, come gli studi sul magnetismo e sull’elettromagnetismo: per fare alcuni esempi, ricordiamo le Lezioni di Meccanica Razionale di Ottaviano Fabrizio Mossotti e le Lezioni elementari di Fisica Matematica date nell’Università di Corfù nell’anno scolastico 1840-41, le Lezioni accademiche di Evangelista Torricelli, le Lezioni di Fisica di Carlo Matteucci.
A testimoniare la completezza della preparazione e degli interessi dei Pacinotti ci sono anche classici greci e latini (Euripide, Omero, Plutarco, Senofonte, Ovidio); per fare alcuni esempi: nella biblioteca sono conservati un’edizione dell’Iliade (del 1844) e una dell’Odissea del 1845; un’edizione de La vita dei greci più illustri di Plutarco del 1877. Ci sono naturalmente classici italiani del trecento, e contemporanei a Pacinotti: almeno tre edizioni differenti del Decamerone di Boccaccio tra cui una del 1825, un’edizione delle Ultime lettere di Jacopo Ortis del 1833.
Non mancano infine libri sui più svariati argomenti che danno anche un’idea di quelle che erano le curiosità dei Pacinotti: Il giuoco incomparabile degli scacchi per condurre chiunque colla maggiore facilità dai primi elementi sino alle finezze più magistrali, gli Esercizi ginnastici per i militari, la Guida ai bagni di Mare.
C’è un’opera che ha avuto una particolare importanza per Antonio Pacinotti: è il Traité d’électricité théorique et appliquée del de la Rive (in tre volumi, editi «à Paris, chez Baillière et Fils» tra il 1851 e il 1858).
Secondo quanto scrive Benvenuti, Pacinotti aveva solo sedici anni quando iniziò lo studio del Trattato; l’opera ha un interesse notevole per l’invenzione della macchina ad anello.
I tre volumi, ottimamente conservati, non recano nessun appunto o nota scritta in margine; solo qua e là si trova qualche correzione di errori tipografici. Infatti Polvani a proposito osservava che "non hanno nessuna di quelle caratteristiche dei libri consultati continuamente e molto sfogliati. Tutt’altro: paiono nuovi. Ciò potrebbe far sorgere la supposizione che non fosse questa la copia del de la Rive studiata da A. Pacinotti. Ma la supposizione sembra poco verosimile perché […] in Pisa né la Biblioteca Universitaria, né quella dell’istituto di Fisica della R. Università posseggono copie del Traité e quella posseduta dalla Scuola Normale Superiore è stata forse acquistata assai più tardi del 1860 e ad ogni modo non porta tracce di appunti pacinottiani."