Per i visitatori che raggiungono Pisa col treno ci sono due opportunità:
- dalla stazione di Pisa Centrale
- dalla stazione di Pisa San Rossore
Dalla stazione centrale il museo si può raggiungere a piedi (tempo di percorrenza circa venti minuti) seguendo il percorso che dalla stazione attraverso via Crispi porta al ponte Solferino. Qui si deve seguire la strada a sinistra (via Fermi) in fondo alla quale si trova la sede del museo.
In autobus: numero 5 al piazzale della Stazione, alla fermata sotto i portici dell'hotel Cavalieri scendendo in via Fermi, dopo aver attraversato il ponte Solferino.
Da Pisa San Rossore, vicinissima al museo, a piedi in cinque minuti passando da via Rustichello da Pisa proseguendo per via Fermi fino all'incrocio con via Nicola Pisano.