La Fondazione Galileo Galilei mantiene una propria attività editoriale finalizzata alla divulgazione della cultura scientifica e pubblica articoli, saggi, monografie su argomenti concernenti la storia della scienza o il patrimonio e le attività del museo.
Collabora attivamente e costantemente con il Periodico del Sistema Museale di Ateneo dell'Università di Pisa e con la rivista Athenet.
Le pubblicazioni, quando è stato possibile, hanno affiancato le altre attività: in occasione della mostra "Galileo e Pisa", per esempio, è stato pubblicato il volume omonimo che ha visto la collaborazione di numerosi studiosi che hanno apportato il loro contributo sulla presenza a Pisa di opere o documenti riguardanti Galileo.
Nel 2007, poco dopo la mostra che ha visto tra l'altro una sezione del ritrovato patrimonio archivistico di Pacinotti, è stata pubblicata una monografia sullo scienziato.
Riportiamo di seguito l'elenco delle pubblicazioni divise in monografie e articoli. Per gli articoli si rimanda, laddove possibile, alla versione on-line. Per quanto riguarda le monografie, è possibile richiederne una copia, che sarà inviata gratuitamente, contattando la segreteria della Fondazione Galileo Galilei.